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Documentation
General Introduction
Running Simulations
ALPS using Python

ALPS using Python

Running ALPS programs using Python

为了演示如何从 Python 使用 ALPS，我们来看一个简单的经典蒙特卡罗模拟：用 spinmc 应用求解正方格子上的二维铁磁 Ising 模型。在接近临界温度时，局域自旋翻转更新会遭遇临界慢化——自关联时间发散，导致相继的组态在统计上远非独立——因此我们改用团簇算法（'UPDATE': "cluster"），一次性翻转整个由取向一致的自旋组成的团簇。我们将计算磁化强度 ∣m∣|m| 随温度的变化，以及它的 Binder cumulant——这是精确定位临界温度的标准有限尺寸分析工具（关于这一分析的完整讨论，参见 MC-07 Phase Transition）。

Launching Python

Python 只允许某个扩展模块与编译它时所用的完全相同版本的 Python 一起使用。如果你从源码构建 ALPS（例如在 Linux 上就是必须的），可以在配置 ALPS 时指定要使用的 Python 解释器。之后 ALPS 会创建一个名为

alpspython

的脚本，它会设置好查找 ALPS 扩展模块所需的路径，然后调用你指定的 Python 解释器。

Detailed instructions

Importing the ALPS modules

启动 Python 后，导入我们需要的模块：

import pyalps
import matplotlib.pyplot as plt
import pyalps.plot

完整的 Python 脚本位于教程目录下的 tutorials/intro-01-basics/tutorial-full.py。

Preparing the input

为了准备输入，我们创建一个包含模拟参数的 Python 字典列表：

parms = []
for t in [1.5,2,2.5]:
    parms.append(
        { 
            'LATTICE'        : "square lattice", 
            'T'              : t,
            'J'              : 1,
            'THERMALIZATION' : 1000,
            'SWEEPS'         : 100000,
            'UPDATE'         : "cluster",
            'MODEL'          : "Ising",
            'L'              : 8
        }
    )

接下来，我们为 ALPS 模拟写出输入文件：

input_file = pyalps.writeInputFiles('parm1',parms)

参数 'parm1' 告诉该函数使用 parm1 作为所有模拟文件的前缀。该函数返回主模拟文件的名称（此处为 parm1.in.xml）。

Running the simulation

Running the simulation on a serial machine

要运行模拟，只需调用 runApplication 函数：

pyalps.runApplication('spinmc',input_file,Tmin=5,writexml=True)

参数 writexml=True 会告诉 ALPS 同时把所有结果也写入 XML 文件。这会拖慢 I/O 速度，但很方便，因为你只需在浏览器中打开输出的 XML 文件就能查看结果。不过，如果你测量的物理量很多，文件会变得非常大，写入也会耗时过长。

Running the simulation on a parallel machine

要在并行机器上使用 MPI 运行模拟，改为调用以下命令：

pyalps.runApplication('spinmc',input_file,Tmin=5,writexml=True,MPI=4)

其中 MPI 参数指定要启动的进程数。

Loading the simulation results

Getting the result files

在加载结果之前，我们需要先获取结果文件的列表。这里只关注我们刚刚创建的文件（即以前缀 parm1 开头的文件），从而得到文件列表：

result_files = pyalps.getResultFiles(prefix='parm1')
print(result_files)

Loading the results

接下来，我们可能想知道都测量了哪些物理量。为此可以加载观测量列表：

print(pyalps.loadObservableList(result_files))

我们决定加载磁化强度的绝对值及其平方，并打印出所加载的内容：

data = pyalps.loadMeasurements(result_files,['|Magnetization|','Magnetization^2'])
print(data)

打印出的内容中，加载的数值保存在 y 中，所有模拟参数则保存在名为 props 的字典中。

Plotting the results

例如，要绘制 |Magnetization| 随温度变化的图像，我们通过调用 collectXY，把 |Magnetization| 的值收集到 y，把温度 T 收集到 x：

plotdata = pyalps.collectXY(data,'T','|Magnetization|')

Plotting in Python using matplotlib

然后我们使用 matplotlib 和 pyalps.plot 模块来绘图：

plt.figure()
pyalps.plot.plot(plotdata)
plt.xlim(0,3)
plt.ylim(0,1)
plt.title('Ising model')
plt.show()

Converting to other formats

我们也可以调用相应函数，把数据集转换为其他绘图格式，例如纯文本、Grace 或 Gnuplot：

print(pyalps.plot.convertToText(plotdata))
print(pyalps.plot.makeGracePlot(plotdata))
print(pyalps.plot.makeGnuplotPlot(plotdata))

Evaluating data

我们可以很容易地对结果求值来计算一些函数，例如计算 Binder cumulant 比值 ⟨m2⟩/⟨∣m∣⟩2\langle m^2 \rangle / \langle |m|\rangle ^2。我们创建一个新的 DataSet 并填入数据：

binder = pyalps.DataSet()
binder.props = pyalps.dict_intersect([d[0].props for d in data])
binder.x = [d[0].props['T'] for d in data]
binder.y = [d[1].y[0]/(d[0].y[0]*d[0].y[0]) for d in data]
print(binder)

表达式 d[1].y[0]/(d[0].y[0]*d[0].y[0]) 使用 jackknife 分析来为存在关联的物理量计算正确的蒙特卡罗误差棒。

最后，我们再制作一张图：

plt.figure()
pyalps.plot.plot(binder)
plt.xlabel('T')
plt.ylabel('Binder cumulant')
plt.show()

Complete example scripts

完整的脚本位于文件 tutorials/intro-01-basics/tutorial-full.py。

下面给出针对各种任务的一些更小的脚本：

Running and plotting

More complex evaluation

Splitting into subtasks

准备、运行、评估这几项任务也可以拆分成子任务：

More examples

关于各函数用法的更多示例，以及更高级的应用，可以在教程中找到。此外，别忘了可以通过函数的 __doc__ 属性查看其文档，例如：

print(pyalps.plot.plot.__doc__)

关于大多数 ALPS 应用共有的输入参数，请参见常用参数。关于能生成与本文所示 Python 方式相同输出文件的命令行流程，请参见使用命令行。关于本节其余内容的概览，请参见运行模拟。

ALPS using the command line